中山大学的研究团队使用10x Genomics单细胞RNA测序技术分析了四名新冠肺炎患者ICU前，ICU期间和之后的PBMC的免疫表型，他们发现，多种免疫细胞中病毒入侵留下的痕迹以及Ⅰ型干扰素的下游基因表达被激活是危重期病人最明显的免疫特征。而病毒入侵免疫细胞的现象与新冠病毒受体ACE2在免疫细胞中的表达并无相关性，但与危重症的出现直接相关。而且，外周血内的干扰素-alpha总量与危重症的病程也密切相关。该研究揭示了严重表现为SARS-CoV-2感染的样本的病毒入侵的基因表达特征和I型干扰素应答。

美国沃尔特·里德陆军研究所Adam T. Waickman等人通过10x Genomic 5’转录组和T细胞的V(D)J测序对登革热疫苗（Tack-003）诱导的免疫细胞的异质性进行了研究，发现：1.Tack-003疫苗可以对人体产生强大而持久的免疫效果；2.Tack-003疫苗诱导的T细胞中存在一个细胞亚群，这个细胞亚群可以对登革热病毒产生持久的免疫效果；3.找到并验证了TfR1可以作为一个可靠的maker来确定具有疫苗特异性反应T细胞的效应/记忆潜能。

北京大学谢晓亮团队利用10x Genomics单细胞测序技术，对新冠肺炎康复期病人血液中的B细胞进行高通量单细胞转录组和V（D）J测序，筛选出富集度最高的IgG抗体序列，从而加速疫苗的研发。

COVID-19相关研究文献汇总

Liao et al., 2020 [preprint]

The landscape of lung bronchoalveolar immune cells in COVID-19 revealed by single-cell RNA sequencing

使用单细胞免疫分析解决方案，在肺部严重受损的COVID-19患者中鉴定出高度炎症性单核细胞衍生的FCN1+巨噬细胞活性，在轻度症状患者中鉴定出CD8+T细胞克隆性细胞增殖。

Lukassen et al., 2020 [preprint]

SARS-CoV-2 receptor ACE2 and TMPRSS2 are predominantly expressed in a transient secretory cell type in subsegmental bronchial branches

使用单核和单细胞RNA测序观察到了ACE2在节段性支气管分支的瞬时分泌细胞类型中的主要表达，认为该细胞类型可能更容易受到SARS-CoV-2感染。

Wei et al., 2020 [preprint]

Viral Invasion and Type I Interferon Response Characterize the Immunophenotypes during COVID-19 Infection

使用单细胞RNA测序分析了ICU前，ICU期间和之后的四名患者的PBMC的免疫表型，揭示了严重表现为SARS-CoV-2感染的样本的病毒入侵的基因表达特征和I型干扰素应答。

Zhao et al., 2020 [preprint]

Single-cell RNA expression profiling of ACE2, the putative receptor of Wuhan 2019-nCov

使用公共单细胞RNA测序数据集分析了ACE2在正常人肺中的表达谱，显示该病毒受体集中在少量II型肺泡细胞中，该细胞上调了与病毒繁殖和传播相关的其他基因。

Ziegler et al., 2020 [Cell Press preprint]

SARS-CoV-2 Receptor ACE2 is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Enriched in Specific Cell Subsets Across Tissues

利用人类和非人类的灵长类动物单细胞RNA测序数据集，发现SARS-CoV-2可以利用IFN驱动的ACE2上调来增强感染并鉴定共同表达ACE2和TMPRSS2的易感细胞群。

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