ATAC-seq（Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing），即利用Tn5转座酶，切割DNA的时候同时加入接头，再PCR扩增即可测序。相比于ChIP-seq，ATAC-seq实验一次就可以获得某个特定时空条件下所有的开放染色质区域。而相比于DNase-seq、MNase-seq和FAIRE-seq， ATAC-seq单细胞样品需求量大大减少至500到50,000，远小于其它实验（至少106）；测序深度也比其它实验降低了几十倍；且ATAC-seq样本制备时间较短，重复性较好。
1、获得样本间染色质开放性差异信息
2017年，Debattama R. Sen等在Nature上发表T细胞耗竭的研究文章，发现在耗竭T细胞和效应T细胞之间，基因转录表达谱差异仅有9.75%，
但ATAC-seq展示的染色质开放性差异高达44.48%，说明ATAC-seq的检测可以获得转录调控方面的重要信息，并且极为灵敏。
2、揭示核小体位置（Nucleosome）
核小体定位变化总是伴随着基因表达模式的转变，其在转录调控、DNA复制和修复等多种细胞过程及肿瘤研究中有重要研究价值，也是目前表观遗传学研究的热点。
例如，2016年Snyder等发表在Cell上的文章证实，不同种类肿瘤的核小体定位存在显著差异，可以借此进行肿瘤分型研究。
3、全基因组范围的转录因子（TFs）结合位点分析
确定转录因子结合位点（TFBS）是理解转录调控机制，建立转录调控网络的关键，可以提供基因表达机制层面的重要信息。
不一样，这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上，做为一个样本进行的染色质可及性分析，而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析，得到数据可以对应到每个单细胞上。
